真正實現“數據不落地” 在線生物信息分析平臺將于年底全面上線

發布時間:2020-05-06

隨著生命科學領域研究的深入和技術的發展,科學研究和臨床診斷已逐漸向基因水平聚焦,全基因組測序技術已開始成為這些領域重要的研究手段。近日,記者從上海科技創新資源數據中心獲悉,由數據中心研發基于PaaS的在線生物信息分析平臺G-Xpert已基本完成,預計于今年年底全面上線。

數據中心首席技術官張嘉銳表示:在線生物信息分析平臺將堅持中立的第三方身份,從技術和管理兩方面確保用戶的數據安全和隱私。數據中心將充分利用現有資源優勢,整合相關領域的專家資源,通過部署各領域專家背書的分析流程以及PaaS級別的定向優化,大大降低使用門檻,使科研人員和醫務工作者提高研究效率,實現‘數據不落地’的在線協同。”

據悉,今年疫情期間,數據中心推出的病毒基因組檢測服務,就是該生信分析平臺的主要功能之一,用戶只需上傳呼吸道樣本的二代測序數據,即可在3小時內檢測出是否含有新型冠狀病毒。

傳統的核酸檢測只能覆蓋全基因組的很小一部分,無法滿足前瞻性科學研究和復雜臨床檢測的需求。在過去,測序技術受地域限制和分析周期的影響,分析結果的及時性較弱,尤其是對疾病的快速診斷十分不利。中科院上海巴斯德研究所郝沛研究員表示:“病毒檢測平臺,直接對接人體樣本的RNA二代測序原始數據,具有對數據全自動質量控制、拼接和病毒組成分析等功能,實現了快速檢測樣本中可能存在的包括新型冠狀病

據后臺數據顯示,截至2020年5月6日12點,病毒基因組檢測平臺共向來自上海市公共衛生臨床中心、復旦大學、復旦大學附屬兒科醫院、遵義醫科大學等機構的用戶提供了224次檢測服務,檢出了包括Covid-19、Hepatitis B virus、Influenza A virus在內的近10種病毒,該檢測服務計劃通過迭代和擴展,應用到各級醫療機構的臨床和科研工作中。

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